水质分析仪主要采用离子选择电测量法来实现检测的。仪器上的电：PH、氟、钠、钾、钙、镁、和参比电。每个电都有一离子选择膜，会与被测样本中相应的离子产生反应，膜是一离子交换器，与离子电荷发生反应而改变了膜电势，就可检测液，样本和膜间的电势。膜两边被检测的两个电势差值会产生电流，样本，参考电，参考电液构成“回路”一边，膜,内部电液，内部电为另一边。
内部电液和样本间的离子浓度差会在工作电的膜两边产生电化学电压，电压通过高传导性的内部电引到到放大器，参考电同样引到放大器的地点。通过检测一个的已知离子浓度的标准溶液获得定标曲线，从而检测样本中的离子浓度。
溶液中被测离子接触电时，在离子选择电基质的含水层内发生离子迁移。迁移的离子的电荷改变存在着电势，因而使膜面间的电位发生变化，在测量电与参比电间产生一个电位差。
水质分析仪使用注意事项：
1、系统全密闭问题。
试剂液路部分连接一定要紧固，从试剂瓶到计量泵再到反应池，否则发生试剂泄漏将直接影响测试结果。其不密闭的另一个问题是测试时由于试剂在试验中吸收空气水分，会导致滴定终点延迟。
2、水质分析仪取样的准确问题。
在标定试剂时需要取用10m，尽量使用10ul取样器，这样不但准确、速度，还能够防止水滴粘附。同样地，取用甲醇试剂、乙酯也有类似的问题，取放完毕后应注意尽量缩短反应池打开的时间。
3、水质分析仪磁性搅拌速度调整。
在反应池中，因为滴定试剂加入时在局部，与电不在一处，因此搅拌速度尽量以到不形成湍流为止，这样可以很达到终点。
4、水质分析仪的滴定速度设定应先后慢。滴定时先以尽量缩短试验时间，而在接近终点时应变慢，这样可提高计量度。
